土地の合筆は、下記の場合にはすることができない(不動産登記法41条)。

（１）表題部の登記事項に関連するもの。

1. 相互に接続していない土地。合筆を認めると飛び地が生じ、一筆の土地であることが認識しにくいからである。なお、たとえ相互に接続していても、管轄登記所を異にするする土地は合筆できない。
2. 地目の異なる土地。一不動産一地目主義に反するからである。登記上の地目が同一でも現況が異なる場合は合筆できない。
3. 地番区域が相互に異なる土地。例えば、芝塚町と飯塚町、東貝沢町一丁目と東貝沢町二丁目など。また、行政区画が異なる場合もできない。所在欄の記載が混乱するからである。
4. 表題部所有者又はその持分を異にする土地。所有権の登記のない土地を合筆することは可能だが、表題部所有者を異にする土地、又は表題部に記載されている共有者が同一であってもその共有持分を異にするときは、所有者の公示に混乱を生ずるため合筆はできない。

（２）権利部の登記事項に関連するもの。

1. 所有権の登記名義人又はその共有持分を異にする土地。一物一権主義に反する状態を公示することになるからである。
2. 所有権の登記のある土地と所有権の登記のない土地。一筆の一部にのみ所有権の登記がある土地を許容することは、一物一権主義に反するからである。
3. 所有権の登記以外の権利に関する登記(承役地にする地役権の登記を除く)のある土地。一物一権主義に基づく制約である。ただし、地役権は承役地の一部を客体とすることができるので、制限の例外となる。また、合筆する全部の土地に登記原因・その日付・登記の目的・受付番号が同一の担保権(全部につき仮登記である場合を含むが、根抵当権の仮登記は除く)のあるときは制限が緩和され、合筆することができる(不動産登記規則105条)。