所得税の納付については毎年1月1日から12月31日までに得たすべての所得を計算し、翌年2月16日から3月15日の間に申告・納税しなければならない。この手続きのことを確定申告という。

一般に確定申告をしなければならないのは、個人事業主等であるが、給与所得者、いわゆるサラリーマンであっても確定申告しなければならない場合がある。以下の場合である。

1. 給与収入が2,000万円を超える場合。
2. 不動産所得や配当収入、年金収入など副収入がある場合で、その副収入に対する所得が20万円を超える場合。
3. 2つ以上の会社より給与を受けている者。
4. 医療費控除・雑損控除などを受ける場合。
5. 住宅ローン控除を初めて受ける場合（2年目以降は年末調整で可能）。
6. 年の途中で退職して年末までに再就職していなくて、年末調整を受けられない場合。

通常サラリーマンについては会社が各社員の所得税の額を計算し、源泉徴収する。ただし、完全に確定した金額である所得税を計算することは不可能なので、概算で給与から控除し、その精算を年末調整で行っている。